Dù phát triển thịnh trị nhưng bên trong cung đình nhà Lê sơ từ buổi đầu thành lập đến sau này vẫn hay xảy ra xung đột đẫm máu và nước mắt.

Lê Tư Tề thất sủng

Thời Lê Thái Tổ xảy ra tranh chấp ngôi thái tử giữa hai phe con trưởng Lê Tư Tề và con thứ Lê Nguyên Long. Cuối cùng phe Nguyên Long thắng thế. Quốc vương Tư Tề, người đang nắm quyền giám quốc thay cha, bị kết luận mắc chứng điên khùng và bị phế. Nguyên Long lên ngôi, tức là vua Lê Thái Tông. Sau Tư Tề bị giam lỏng, cách ly với bách quan rồi bị em giáng làm thứ dân và chết yểu, gọi là Quận Ai vương.

Cùng việc giam lỏng Lê Tư Tề, Thái Tông còn an trí mẹ già Phạm Thị Nghiêu (Phạm Huệ phi) về coi lăng vua Thái Tổ là Vĩnh Lăng (Thanh Hoá) vì bà từng có ý phế bỏ Thái Tông lập vua khác [1]. Sau đó, vì lời tố cáo của một số thị nữ về những lời oán vọng của Phạm Huệ phi, vua Thái Tông thậm chí đã ra lệnh ép bà tự sát.

Âm mưu Nguyễn Thị Anh

Vua Lê Thái Tông còn nhỏ lên ngôi nhưng đã tỏ ra là người sáng suốt. Ông trọng dụng các đại thần chính trực như Nguyễn Trãi, Nguyễn Xí, Đinh Liệt, giáng chức bè đảng Lê Sát, Lê Ngân.

Vua Thái Tông có 4 người con là Nghi Dân, Khắc Xương, Bang Cơ, Tư Thành. Vì các hoàng tử đều còn quá nhỏ (chỉ chênh nhau một vài tuổi) nên đã xảy ra việc tranh chấp ngôi thái tử giữa các bà vợ vua Thái Tông. Nghi Dân là con Trưởng của vua, con của bà Dương thị vốn đã được lập làm thái tử từ nhỏ. Nhưng sau đó Nguyễn Thị Anh được vua sủng ái nên năm 1441 vua nghe lời, truất ngôi của Nghi Dân, lập con bà này là Bang Cơ lên làm thái tử. Bà mẹ của Khắc Xương vốn không được vua sủng ái nên không thể tranh chấp ngôi thái tử. Tuy nhiên, nhiều người trong triều dị nghị rằng, Nguyễn Thị Anh đã có thai trước khi vào cung và Bang Cơ không phải là con vua Thái Tông. Cùng lúc đó, một bà phi khác của vua là Ngô Thị Ngọc Dao lại có mang sắp sinh. Nguyễn Thị Anh sợ chuyện bại lộ thì ngôi lớn sẽ thuộc về con bà Ngọc Dao nên tìm cách hại bà Ngọc Dao. Bà này được vợ chồng Nguyễn Trãi và Nguyễn Thị Lộ hết sức che chở, mang đi nuôi giấu và sinh được hoàng tử Lê Tư Thành năm 1442. Biết bà Ngọc Dao đã sinh con trai mà ngày càng nhiều người đồn đại về dòng máu của Bang Cơ, nhân lúc con mình còn đang ở ngôi đương kim thái tử, Nguyễn Thị Anh chủ động ra tay trước. Nhân dịp vua Thái Tông về thăm Nguyễn Trãi, sợ Nguyễn Trãi gièm pha mình và nói tốt cho Tư Thành nên bà sai người sát hại vua Thái Tông rồi đổ tội cho vợ chồng Nguyễn Trãi. (xem chi tiết Vụ án Lệ Chi Viên)

Sau khi Thái Tông mất, Bang Cơ lên ngôi, tức là Lê Nhân Tông, Nguyễn Thị Anh được làm thái hậu, nắm quyền trị nước.

Biến loạn Lê Nghi Dân

Năm 1459, Lê Nghi Dân làm binh biến giết mẹ con Nguyễn Thị Anh, trong chiếu lên ngôi nói: "Diên Ninh (niên hiệu của Nhân Tông) vốn không phải là con tiên đế...". Nghi Dân lên ngôi cải niên hiệu là Thiên Hưng.

Nghi Dân làm vua được 8 tháng, tới tháng 6 năm 1460, các đại thần Nguyễn Xí, Đinh Liệt lại làm binh biến lật đổ Nghi Dân, Cung vương Khắc Xương[12] khước từ lên ngôi, nên triều thần lập con út của Thái Tông là Tư Thành lên ngôi, tức là vua Lê Thánh Tông.

Nguyễn Thị Hằng trả oán

Theo Đại Việt Sử ký Toàn thư, năm 1497, vua Thánh Tông bị bệnh. Hoàng hậu Trường Lạc Nguyễn Thị Hằng [2] vốn bị vua xa lánh lâu ngày, lấy cớ vào thăm bệnh vua rồi ngầm bôi thuốc độc vào tay, xoa lên những chỗ loét của vua. Do đó bệnh vua càng nặng thêm và mất. Vì Nguyễn Thị Hằng là con đại thần Nguyễn Đức Trung, ông tổ của Nguyễn Hoàng là tổ nhà Nguyễn sau này nên sử nhà Nguyễn bỏ qua không đề cập về cái ghen của hoàng hậu họ Nguyễn đã giết vua Lê.

Vua Thánh Tông có nhiều vợ và có 14 người con trai, thường mãn nguyện nói với các quan, đại ý rằng: Trẫm có lắm con trai, cơ nghiệp sau này vững bền không phải lo gì nữa. Nhưng Trạng Lường là Lương Thế Vinh thẳng thắn tâu đại lược rằng: Lắm con trai chỉ là đầu mối của loạn lạc.

Chỉ hơn 10 năm sau cái chết của Thánh Tông, điều Trạng Lường nói đã thành hiện thực.

Vua quỷ và vua lợn

Thái tử Tranh lên ngôi, tức là Lê Hiến Tông. Vua Hiến Tông kế tục giữ nguyên kỷ cương của cha nên trong ngoài vô sự. Năm 1504, vua Hiến Tông mất, con thứ ba là Thuần lên ngôi, tức là Lê Túc Tông. Túc Tông yểu thọ, giữa năm lên ngôi, cuối năm đã qua đời lúc mới 17 tuổi. Triều thần lập anh thứ nhì của ông là Tuấn lên ngôi, tức là Lê Uy Mục. Uy Mục đế tàn ác, bị gọi là "vua quỷ", giết chết thái hoàng thái hậu vốn là Trường Lạc hoàng hậu Nguyễn Thị Hằng, người hại vua Thánh Tông trước đây, vì bà này hối hận việc lập Uy Mục đế lên ngôi. Sau đó Uy Mục đế lại giết các con thuộc chi của Kiến vương Tân (một người con của Thánh Tông). (xem bài Lê Uy Mục)

Một người con của Kiến vương Tân là Oanh cùng Nguyễn Văn Lang là em họ của thái hậu Nguyễn Thị Hằng [3] khởi binh giết Uy Mục lên ngôi, tức là Lê Tương Dực. Tương Dực ăn chơi trụy lạc, bị gọi là "vua lợn". Dân gian bị bóc lột cùng khốn, đồng loạt nổi dậy làm phản: Thân Duy Nhạc, Ngô Văn Tổng, Trần Tuân, nổi nhất là khởi nghĩa Trần Cảo. Trong triều nảy sinh bè phái, đại thần Trịnh Duy Sản, người có công dẹp khởi nghĩa Trần Tuân, giết chết vua Tương Dực, cùng thái sư Lê Quảng Độ lập chắt của Thánh Tông (gọi Tương Dực bằng chú) là Y mới 11 tuổi [4] lên ngôi, tức là Lê Chiêu Tông. Trong khi đó Trịnh Duy Đại và Phùng Mại lại lập người chắt khác của Thánh Tông là Doanh mới 8 tuổi lên ngôi. Phe này thất thế chạy về Tây Đô. Sau Trịnh Duy Đại giết chết Doanh.

Tướng khởi nghĩa Trần Cảo

Trần Cảo là lực lượng khởi nghĩa mạnh nhất, đánh chiếm kinh thành Thăng Long, tự xưng làm vua, thái sư Quảng Độ đầu hàng. Có người nói rằng đây là quả báo cho nhà Lê vì ngày thành lập, Lê Thái Tổ đã giết Trần Cảo để giành ngôi (xem bài về Lê Lợi) nên về sau con cháu bị một Trần Cảo khác báo oán và đây chính là hậu thân của Trần Cảo - Hồ Ông.

Lê Chiêu Tông bỏ chạy vào Tây Đô. Các tướng tạm gác việc xung đột để chống Trần Cảo. Cảo thua rút khỏi Thăng Long. Trịnh Duy Sản đi đánh Cảo bị tử trận ở Chí Linh. Cảo lại mang quân về định đánh kinh thành, con nuôi Duy Sản là Trần Chân phá được Cảo ở Gia Lâm. Cảo thua chạy rút qua sông Cầu, truyền ngôi cho con là Cung và bỏ đi làm sư mất tích.

Mạc Đăng Dung tiếm quyền

Trần Cảo rút đi, các tướng lại chia bè phái đánh nhau. Nguyễn Hoằng Dụ (con Nguyễn Văn Lang) đánh nhau với Trịnh Tuy. Tuy thua chạy về Tây Đô (Thanh Hoá). Trần Chân về phe với Tuy [5] đánh đuổi Hoằng Dụ, nắm lấy quyền trong triều. Tháng 7 năm 1518, vua Chiêu Tông nghe lời gièm pha, sợ uy quyền của Trần Chân nên sai người giết Chân. Thủ hạ của Chân là Nguyễn Kính nổi loạn.

Tháng 9 năm 1518, Trịnh Tuy và văn thần Nguyễn Sư lập một tôn thất có họ xa với Chiêu Tông là Lê Do [6] làm vua và sai người dụ Nguyễn Kính. Kính thấy Tuy là người cùng phe với Trịnh Duy Sản và Trần Chân trước đây nên đồng lòng đi theo.

Chiêu Tông triệu thông gia của Trần Chân là Mạc Đăng Dung [7] đang trấn thủ Hải Dương và Nguyễn Hoằng Dụ về cứu. Hoằng Dụ đánh bị thua chạy về Thanh Hoá rồi chết. Đăng Dung một mình nhân cầm quân dẹp loạn mà nắm hết quyền bính.

Tháng 7 năm 1519, Đăng Dung dẹp được Lê Do, bắt giết Do và Nguyễn Sư. Trịnh Tuy bỏ chạy vào Thanh Hoá, Nguyễn Kính đầu hàng.

Năm 1521, Mạc Đăng Dung dẹp được Trần Cung (con Trần Cảo), quyền thế át cả Chiêu Tông. Năm 1522, Chiêu Tông chạy ra ngoài gọi quân Cần vương. Đăng Dung bèn lập em Chiêu Tông là Xuân lên ngôi, tức là Lê Cung Hoàng, tuyên bố phế truất Chiêu Tông.

Vua Chiêu Tông được các tướng Hà Phi Chuẩn, Đàm Thận Huy, Lê Đình Tú về cứu, thanh thế rất lớn. Nhưng sau đó Trịnh Tuy ở Thanh Hoá ra cần vương, các tướng bất hoà. Trịnh Tuy tranh công mang Chiêu Tông vào Thanh Hoá, ra lệnh các đạo bãi binh, từ đó các tướng không theo Chiêu Tông nữa.

Năm 1523, Mạc Đăng Dung nhân phe Chiêu Tông yếu thế, điều quân đánh Thanh Hoá. Năm 1524, Trịnh Tuy thua trận bỏ chạy rồi chết. Năm 1525, Mạc Đăng Dung bắt được Chiêu Tông mang về Thăng Long và giết chết năm 1526.

Các đối thủ đều bị dẹp yên, không còn ai ngăn trở, năm 1527, Mạc Đăng Dung phế truất Cung Hoàng lên ngôi, lập ra nhà Mạc (xem chi tiết bài Mạc Đăng Dung). Nhà Lê sơ truyền đúng 100 năm và mất chỉ 30 năm sau cái chết của vua Lê Thánh Tông.